食管超聲內鏡檢查的缺點是不能完整顯示食管的病變，檢查時不能發現早期的食管癌或食管良性增生等情況，無法與正常組織區分。此外，由于食管內超聲探頭無法伸入，因此不能明確其位置、長度。

1、完整顯示食管：由于食管超聲內鏡是將內鏡探頭伸入食管腔，因此不能完整顯示食管的病變，如早期的食管癌、食管憩室或食管炎等;

2、無法完整顯示食管：部分情況下早期食管癌在內鏡下表現不典型，如食管下段腫瘤或賁門癌在內鏡下表現為平坦型，而部分患者可能出現食管壁增厚，也不能完全顯示病變;

3、無法明確其位置：部分患者由于體位的問題，如食管比較僵硬或者食管有異物，在內鏡進入食管的過程中可能會導致病變的位置無法明確，同時也不能明確病變的長度;

4、無法明確其性質：如賁門部腫瘤由于病變較大，通過內鏡檢查可能無法明確其性質，而對于食管中段的病變或者彌漫性病變，也不能完全顯示病變的范圍。

除上述缺點外，由于食管超聲內鏡檢查是將整個探頭伸入食管，因此在檢查過程中患者會出現惡心、嘔吐等癥狀。而且由于內鏡的觀察視野較小，也不能明確其位置或者病變的深度。當存在疑似病變時，最好進一步進行CT、核磁共振等檢查以明確診斷。