由于檢查的方式不同，腸管超聲檢查可能會有一定的疼痛，主要是由于腸管內有氣體、回聲，超聲檢查會刺激腸管出現疼痛，引起被檢查者不適。但疼痛可以忍受，一般在可以耐受的范圍內。如果患者比較害怕疼痛，可以選擇無痛腸鏡檢查。

1、經口超聲檢查：這種檢查方式是將一個探頭經口伸入結腸，從肛門處進入體內，通過超聲波了解結腸內部的情況。由于是在直視下進行，所以一般不會帶來明顯的疼痛，多數患者可以忍受;

2、無痛腸鏡檢查：如果患者比較害怕疼痛，可以選擇無痛腸鏡檢查。無痛腸鏡是在麻醉后進行，患者在麻醉后就可以進入睡眠狀態，在檢查過程中沒有任何感覺，不會有疼痛感。但是在檢查之前需要做腸道準備，清空腸道內的食物殘渣和糞便，以免影響檢查結果;

3、膠囊內窺鏡檢查：這種檢查方式是將一個膠囊內窺鏡從肛門處進入體內，通過體內的攝像頭觀察腸道內的情況。由于是通過肛門進行檢查，所以可能會帶來一定的不適感，但是疼痛比較輕微，一般可以忍受;

4、小腸鏡檢查：如果患者比較害怕疼痛，可以選擇小腸鏡檢查。小腸鏡是從口腔進入體內，后進入小腸，通過膠囊攝像頭觀察腸道內的情況，一般會有比較大的疼痛，多數患者難以忍受。

建議患者做腸管超聲檢查時要放松心情，不要過于緊張，可以在檢查時做深呼吸，緩解緊張的情緒。同時在檢查之前盡量避免吃東西或喝水，以免影響檢查結果。