超聲內鏡檢查多在消化科、胃腸外科、肝膽外科進行，所以不同科室都可以進行超聲內鏡檢查，但通常情況下會選擇在消化科進行超聲內鏡檢查。超聲內鏡是一種新的醫學影像技術，能通過內鏡將消化道內的情況成像反映到體內，醫生可以通過觀察內鏡下的病變，從而判斷病變的起源位置，以及病變的嚴重程度。

1、消化科：如果患者出現上腹不適、腹痛、腹脹、反酸、噯氣等癥狀，可以到消化科進行超聲內鏡檢查，觀察胃、食管、十二指腸等消化道有無病變;

2、胃腸外科：如果患者出現上腹疼痛、飽脹感、噯氣、反酸等癥狀，可以到胃腸外科進行超聲內鏡檢查，明確是否有胃腸道的器質性病變;

3、肝膽外科：如果患者有膽道系統的結石、腫瘤等病變，可以在肝膽外科就診，通過超聲內鏡可以觀察到病變的范圍、大小以及形態。

此外，超聲內鏡技術還可以應用于食管、肛門、胰腺等上消化道的狹窄、擴張等疾病的診療中，由于上述器官離消化科較近，所以也可以到上述科室進行檢查。另外，超聲內鏡技術還有氣囊輔助超聲內鏡等多種應用形式，可以根據患者的病情選擇合適的檢查方式。