超聲內鏡檢查準確度較高，臨床上超聲內鏡技術應用較為廣泛，可用于食管、胃、結腸等消化道疾病的診斷，具有較高的臨床價值。

1、食管：通過超聲內鏡可以對食管進行檢查，可以對早期發現的食管癌，以及黏膜病變進行初步診斷。因為超聲內鏡比較方便，所以臨床上經常用超聲內鏡進行檢查。另外，對于食管狹窄、食管憩室等食管疾病，也可以通過超聲內鏡進行檢查;

2、胃：胃部是空腔臟器，超聲內鏡可以比較清晰地顯示胃黏膜的情況，以及胃部小結構的異常變化，所以可以對胃部病變進行比較明確的診斷，對早期的胃癌，也可以在超聲內鏡下進行初步判斷。此外，超聲內鏡也可以對胃壁、胃壁外的病變進行初步判斷;

3、結腸：超聲內鏡可以對結腸進行檢查，可以明確病變的起源位置，以及病變范圍，判斷是潰瘍性結腸炎、息肉還是腺瘤性結腸癌等。因為超聲內鏡比較方便快捷，所以經常用作于結腸病變的診斷;

4、其他：超聲內鏡技術還可用于胰腺、脾臟、膽囊等腹腔臟器的檢查，以及對肝臟、脾臟、膽囊病變進行檢查。

此外，超聲內鏡技術還有無痛超聲、彈性超聲等多種應用，可以根據患者的病情選擇合適的檢查手段。