超聲內鏡檢查主要應用于食管、胃、小腸、結腸等消化道，可檢查出微小病變，常用于占位性病變的初步診斷，所以通常可以掛消化內科。部分醫院也可進行超聲內鏡下穿刺，主要應用于胃癌，所以也可以掛胃腸外科、腫瘤科等。

1、消化內科：患者可根據醫囑，選擇超聲內鏡檢查胃、食管、小腸、結腸等消化道病變，通常可明確病變的部位、大小、形態、表面光滑度、活動度等，協助明確診斷，協助進行下一步治療。此外，超聲內鏡檢查也可對不明原因的出血疾病，進行明確診斷，并協助進行下一步治療;

2、胃腸外科：如果患者就診的醫院只有消化內科，或者沒有細化成熟胃鏡的醫院，可以選擇超聲內鏡檢查。因為胃鏡是檢查上消化道病變的最佳方式，而超聲內鏡可直接在胃鏡的引導下，通過胃腸道進入到病變部位，能夠清晰地顯示病變部位以及病變大小、形態等，所以可通過此檢查明確診斷胃癌等疾病;

3、腫瘤科：如果患者就診的醫院中有腫瘤科，或者是有其他相關科室，超聲內鏡技術也可應用于此類疾病的診斷和治療之中;

4、其他：超聲內鏡也可應用于食管、結腸等上消化道器官病變的治療中，比如炎癥、息肉、潰瘍等。

此外，超聲內鏡也可對不明原因的腫塊進行檢查，可直觀地顯示病變的位置、大小，以及病變范圍等，所以可根據患者情況選擇合適的科室進行檢查。