超聲氣管鏡檢查有一定的痛苦，其相對于普通支氣管鏡檢查較為困難，主要是因為支氣管鏡檢查屬于有創檢查，在檢查過程中患者可出現咳嗽、胸悶、呼吸困難等不適感。

1、咳嗽：在進行超聲氣管鏡檢查時，可刺激患者咽喉部出現咳嗽，但通常咳嗽較為劇烈，尤其是局麻下進行超聲支氣管鏡檢查時，患者可能會出現憋氣、面色潮紅等表現;

2、胸悶：患者在進行超聲氣管鏡檢查時，可能會因為支氣管鏡進入支氣管內，對支氣管造成刺激而出現胸悶的癥狀。但大多數患者可以忍受，如果對疼痛較為敏感，可選擇在檢查前注射麻醉藥物后再進行檢查;

3、呼吸困難：部分患者在進行超聲氣管鏡檢查時，可能會出現較為嚴重的呼吸困難表現，甚至需要張口呼吸，需在麻醉起效后再進行檢查，以免出現缺氧的情況;

4、其他：由于超聲氣管鏡檢查屬于有創檢查，在檢查過程中支氣管鏡會刺激患者呼吸道黏膜，導致患者出現咳痰、咯血等癥狀。

此外，部分患者在進行超聲氣管鏡檢查時，還可能因為技術不佳或操作不當，造成氣胸、血胸等問題，需要通過胸腔閉式引流的方式進行治療。總體來說，超聲氣管鏡檢查相對比較痛苦，醫生會根據具體情況選擇合適的方式緩解患者痛苦。

患者在進行超聲氣管鏡檢查前應禁食、禁水，檢查后應多飲水促進排尿，積極配合醫生進行治療。