懷孕40天超聲檢查疼，可能是由于過度緊張、超聲檢查時間過早、宮頸炎、先兆流產等原因導致。超聲檢查是利用超聲波對人體進行檢查的一種方式，有時也會使用陰道內的高頻超聲進行檢查。

1、過度緊張：如果孕婦對超聲檢查過于緊張，可導致檢查時出現疼痛癥狀。建議在檢查時適當放松，不要過于緊張，必要時可在檢查前適當咨詢醫生，通過使用鎮靜藥物，如地西泮片等進行緩解;

2、超聲檢查時間過早：懷孕40天時間較短，此時孕囊發育還不穩定，超聲檢查時可能會由于時間較短，孕囊還沒有進入宮腔，從而出現上述癥狀。建議孕婦適當推遲超聲檢查時間，一般在懷孕42天左右進行;

3、宮頸炎：病原體感染宮頸可引發宮頸炎，宮頸炎加重時可刺激宮頸表面神經，從而引起疼痛癥狀。如果進行超聲檢查，可能會出現上述癥狀，伴有白帶異常、瘙癢等。如果沒有陰道出血等異常癥狀，可不做特殊治療，注意外陰清潔即可。但如果伴有出血等，建議遵醫囑使用保婦康栓等藥物進行治療;

4、先兆流產：如果由于胚胎染色體異常等原因導致孕婦出現先兆流產，此時宮縮可引發小腹疼痛，如果剛好在超聲檢查時出現，就可表現為上述癥狀，并伴有陰道出血等癥狀。建議遵醫囑使用黃體酮膠囊等藥物進行保胎治療，必要時可終止妊娠。

除上述常見情況外，還可能與宮外孕等原因有關。孕婦可前往醫院產科就診，在醫生指導下進行血常規、超聲檢查等，明確具體情況后采取合適的應對措施。