通常情況下，內鏡超聲檢查即使是做無痛胃腸鏡也需要活檢，主要是為了明確病變的性質。但是如果患者病變比較復雜，沒辦法通過內鏡進行檢查，則需要進行活檢。

1、懷疑腫瘤：如果患者胃腸道內有腫瘤，可以通過超聲內鏡進行檢查，以明確腫瘤的位置、大小、形態、表面、邊界等，初步判斷病變的性質。但是超聲內鏡檢查的結果準確率相對于胃腸鏡檢查低，而且不能活檢確定病變的性質，所以需要進一步做活檢;

2、不明原因的增生性疾病：比如常見的炎癥增生、息肉增生等情況，由于病變比較復雜，進行超聲內鏡檢查可能會發現一些問題，比如息肉有很多分型，不同類型的息肉可能表現的癥狀不同，有些息肉可能沒有任何癥狀，在這種情況下，超聲內鏡檢查不一定能發現病變，而活檢可以進一步明確病變的性質;

3、胃腸道間質瘤：超聲內鏡檢查可對胃腸道間質瘤進行初步判斷，其表現為邊界清楚的低回聲或者高回聲病變。在一些情況下，超聲內鏡檢查也可以對其進行鑒別診斷，比如當胃腸道間質瘤出現在結腸或者直腸時，通過超聲內鏡可以對其進行初步診斷;

4、炎癥性腸病：比如潰瘍性結腸炎、克羅恩病等情況，通過超聲內鏡也可以對其進行鑒別診斷，比如當潰瘍性結腸炎表現為結腸的節段性改變等。

此外，超聲內鏡檢查也可對胃腸道息肉進行初步診斷，主要是排除一些小的腫瘤，或者是胃腸道黏膜下隆起等病變，但是胃腸道息肉通過超聲內鏡檢查可能發現不了，所以還需要進一步做活檢。