三維超聲內鏡檢查一般不會造成痛苦，如果出現痛苦的情況，可能是患者膽囊炎、胃腸道疾病、十二指腸疾病等原因導致，建議患者在進行檢查時保持良好的心態，不要過度緊張。

1、膽囊炎：如果患者膽囊部位出現炎癥，由于炎癥的刺激會導致膽囊疼痛，膽囊疼痛會刺激神經，從而會引起反射性的惡心、嘔吐等，所以會出現三維超聲內鏡檢查痛苦的現象，建議患者在醫生的指導下使用硫酸阿托品片、消旋山莨菪堿片等藥物治療;

2、胃腸道疾病：如果患者存在胃腸道疾病，如胃炎、胃潰瘍等疾病，由于胃部黏膜受到損傷，導致局部出現疼痛的現象，所以會出現三維超聲內鏡檢查痛苦的情況。建議患者在醫生的指導下使用硫糖鋁咀嚼片、奧美拉唑腸溶膠囊等藥物治療;

3、十二指腸疾病：如果患者存在十二指腸疾病，如十二指腸潰瘍等，由于潰瘍面受到刺激，會導致出現規律性的腹痛，所以會出現三維超聲內鏡檢查痛苦的現象。建議患者在醫生的指導下使用雷貝拉唑鈉腸溶片、泮托拉唑鈉腸溶片等藥物治療;

4、其他原因：如果患者過于緊張，可能會導致胃腸道痙攣收縮，從而會引起反射性的惡心、嘔吐等癥狀，所以會出現三維超聲內鏡檢查痛苦的情況。建議患者放松心情，可以聽舒緩的音樂來緩解。

建議患者在做三維超聲內鏡檢查前，需要注意飲食清淡，避免食用辛辣、油膩等刺激性的食物，如辣椒、肥肉等，容易影響檢查結果。同時檢查前一天需要空腹，以免影響檢查結果。