孕12周檢查超聲胎兒位置不對，有可能是胎兒位置因素、胎兒發育不全、胎兒畸形引起，需要針對具體情況，采取觀察、用藥、手術等方法處理。

1、胎兒位置因素：胎兒在子宮內胎位不固定，可能在孕12周的時候，胎兒在子宮內的位置不正確，就會出現孕12周檢查胎兒位置不對的情況。但是隨著胎兒發育，胎位會自行調整，建議定期復查;

2、胎兒發育不全：如果孕婦有病毒感染、營養不良、精子或卵子質量不好等情況，可能會影響胎兒發育，導致發育不全，出現孕12周檢查超聲胎兒位置不對的情況。若確定胎兒發育不全，就需要盡快遵醫囑用藥保胎，如口服黃體酮軟膠囊或者地屈孕酮片;

3、胎兒畸形：如果胎兒存在先天性心臟病等畸形，就可能會引起孕周偏小，導致孕12周檢查超聲胎兒位置不對。這種情況下通常沒有良好的治療方法，建議產婦定期復查，若畸形比較嚴重，則需終止妊娠;

4、其他原因：在懷孕期間，若檢查操作不當，可能會導致超聲測量的胎兒位置不準確，出現孕12周檢查超聲胎兒位置不對的情況。若確定是這種原因引起，建議產婦再次進行復查，若確定是這種原因導致，應注意休息，并遵醫囑治療。