通常情況下，進行超聲波內鏡檢查不痛苦，檢查時醫生會將一個清晰的超聲探頭放于患者體內，對體內病變情況進行觀察，一般不會造成患者痛苦。但如果患者存在膽囊方面的疾病，可能會引起不適感，主要表現為陣發性的右上腹疼痛，還可能會伴有惡心、嘔吐等癥狀。

1、陣發性的右上腹疼痛：做超聲波內鏡檢查可能會引起陣發性的右上腹疼痛，因為超聲探頭伸入到膽囊內時，會對膽囊組織進行全面觀察，由于個體差異，部分患者會出現陣發性右上腹疼痛，但一般不會持續較長時間。如果患者進行超聲波內鏡檢查前適當口服止痛藥物，如阿司匹林、布洛芬等，可以緩解癥狀;

2、惡心、嘔吐：如果患者膽囊疾病比較嚴重，如存在膽囊炎、膽結石等，或胃腸道本身存在疾病，如存在急性胃腸炎、胃潰瘍等，在進行超聲波內鏡檢查時，可能會出現一定的不適感，主要表現為惡心、嘔吐等癥狀，但一般持續時間不會太長，大部分患者可以忍受，必要時可以選擇無痛超聲內鏡檢查;

3、其他癥狀：部分患者在超聲波內鏡檢查時，還可能會出現焦慮、恐懼的心理問題。因為在做超聲波內鏡檢查時會感到不適，所以會影響睡眠質量，從而導致焦慮、恐懼等癥狀。

超聲波內鏡技術已經發展得比較成熟，是比較先進的消化內鏡技術。如果患者膽囊部位存在不適，可以在超聲波內鏡下進行檢查，并進行相應治療。