超聲內鏡是指在內鏡下可以將體內的病變情況成像，主要用于食管、胃、腸等消化道疾病的診斷。做超聲內鏡檢查有一定局限性，因為超聲內鏡比較局限，對于黏膜下的病變、隆起性病變等，通常不能明確診斷，而針對于息肉等良性病變，大多數情況下也不能明確診斷。

1、黏膜下的病變：由于超聲內鏡比較局限，對于黏膜下的病變，如隆起性病變，超聲內鏡檢查通常不能明確診斷，可結合其他檢查，如胃鏡、食管鏡等，進行綜合判斷;

2、黏膜下的隆起性病變：超聲內鏡可以對胃黏膜下的病變進行超聲判斷，如果存在黏膜下的隆起性病變，如胃息肉、胃平滑肌瘤等，可以明確存在良、惡性的情況;

3、膽道系統病變：如膽囊結石、膽囊腫瘤等，超聲內鏡也可以清晰顯示，并根據結石、腫瘤的大小、形態、位置，以及膽管的阻塞情況，對膽道系統病變作出良、惡性的判斷;

4、良性腫瘤：如胰腺假性囊腫、多發性肝囊腫等，也可以通過超聲內鏡進行檢查，并根據組織學表現，以及既往病史進行綜合判斷;

5、惡性腫瘤：如食管癌、胃癌、肝癌等，超聲內鏡檢查對惡性腫瘤的判斷有明顯的局限性，通常不能明確診斷，可結合CT、病理學檢查等進行綜合判斷。

除上述情況外，超聲內鏡也可對血管進行檢查，主要用于食管、胃、腸等消化道血管的檢查，部分腹部的大血管也可以通過超聲內鏡進行檢查。多數情況下超聲內鏡比較局限，對于某些疾病可能會有較好的診斷作用，但由于個體差異，如病變大小、形狀等有所不同，因此需要在醫生指導下完善其他檢查，進行綜合判斷。